по-нормальному такое делается oauth авторизацией, тогда вы легко сможете связать акки одного человека.
либо один из сайтов создает oauth сервер, а на втором вход через него, либо на обоих вход через сторонний oauth, наприер через вк.
если у вас регистрация своя, то вопрос в том как вы аккаунты будете связывать, вручную? автоматически на ум приходит только по мылу.
в таком случае сделайте один сайт "главным" и в его базе сделайте таблицы для баллов.
второй сайт будет отправлять баллы по апи и по апи же их читать/использовать.