По умолчанию у меня на сервере запрещены:
exec,passthru,shell_exec,system,proc_open,popen,show_source
Есть одна утилита которая мне нужна и она требует shell_exec. Для этого создал отдельного пользователя на сервере, но не могу понять как изменить для него набор disable_functions. Через апач не вариант, т.к. утилита не имеет хода во внешний мир и будет запускаться только через cron.