Не пойму в чем будет сложность поддержки )
Сложность поддержки будет тогда, когда Вы столкнётесь требованием, которое в бутстрапе не предусмотрено. Например, Вам нужно будет не 3.5 разрешения, которые предоставляет бутстрап, а допустим, 8.
Если у Вас изначально такой проект, что изначальное подобные возможности не предусматриваются, то и проблем не будет соотв.
Просто подумайте, что может бутстрап. Потом подумайте, что Вам может понадобиться. Вычтите первое из второго, поймёте, с какими проблемами столкнётесь в будущем.