Скорее всего вы имеете ввиду отличие от Браузерного js. Да, отличия есть.
Прежде всего, конечно же на сервере не используется DOM.
Во вторых, чаще придётся работать в асинхронном стиле.
В третих, нужно понять, что такое модули, как работать с файловой системой и т.п. внешними ресурсами системы.
Цель - программа, выполняемая на сервере.