Бывает что при разработке приходится делать стили и скрипты динамическими.это редкая и странная практика.
или это все из-за плохих решений в процессе разработки и можно по-другому?именно так, обычно одного - двух файлов стиля хватает для всего. Если это кастомные настройки странички пользователя "под себя" - да, можно сделать что-то типа
<link href="/customcss.php?mode=vasea" rel="stylesheet" type="text/css" media="all">
для нескольких настроек, которые перекроют стили из основных файлов, но это реально редкий случай.