И вот у меня возникает такой вопрос. Получается, при каждом запросе пользователя скрипт обращается к диску в моем случае за 3000 файлами каких-либо классов?
Не знаю как на серверных версиях Windows, но на "домашних" судя по всему, именно так и есть (с учётом разницы производительности, обычно не в пользу Windows). Linux же умеет кэшировать в памяти любые файлы, к которым вы обращаетесь, будь это .php или .jpg - не имеет особого значения.
P.S. А с учётом того, что файлов 3тыс. а занимают они 10-30Мб (эти 3тыс. файлов), думаю гораздо продуктивнее хранить их в оперативной памяти, чем 3тыс. раз дёргать жесткий диски, особенно если это НЕ SSD-диск. Что собственно ОС обычно и делает :)