Не знаю, что ты имеешь в виду под переходом cо Scrum на Agile, посколько Scrum - это управленческий framework в рамках Agile подхода.
По существу вопроса: Все, что в перспективе экономит время разработчиков (рефакторинг, оптимизация, документирование кода, настройка инфраструктуры и т.п.) - это технические истории. Их тоже необходимо включать в бэклог и спринты.
Вот некоторые из способов, как это делать:
a) Сделать из них обычные истории, найдя преимущества для заказчика
b) "Продать" их ожидаемый результат продакт овнеру, как повышение фокус-фактора
с) Дополнять ими спринты, в которых идет опережение срока
d) Договориться о том, что максимальное количество незакрытых технических историй должно быть фиксированным и верхние по приоритету - всегда попадают в спринт наряду с обычными историями.