Вероятно сервер неправильно передает хэадер Content-Length.
Так бывает, когда есть utf-8 символы в js. Например, Content-Length передает количество символов, а надо передавать количество байт
ckr: В принципе размер в Content-Length соответсвует размеру файла на диске, сам js файл в utf-8, явное добавление кодировки utf-8 в секции http проблему не решило. Так же сие явление (не полная загрузка) перманентное
ILYA: не может такого быть, лежит на диске. Кодировка что браузеру что nginx по барабану. Попробуйте удалить Content-Length вообще, может так заработает))
ckr: Суть проблемы нашел, после обновления файла на сервере, сервер некоторое время отдает старый размер файла в Content-Length. Благодарю за подсказки!