Поднять через https.
var https = require('https');
var fs = require('fs');
var port = 3001;
var options = {
key: fs.readFileSync('www_site_com.key').toString(),
cert: fs.readFileSync('www_site_com.crt').toString(),
ca: fs.readFileSync('www_site_com.ca-bundle').toString()
};
var app = https.createServer(options);
var io = require('socket.io').listen(app); //socket.io server listens to https connections
app.listen(port, "0.0.0.0", function() {
console.log('Listening on Port:' + port);
});
Только в этом случае надо иметь файлы сертификата