$text = "Текст в котором нужно найти вот такие [put] вставки и поменять эти [put] на произвольные числа из какого нибудь массива
который допустим содержит столько же элементов в себе сколько и вхождений [put] в данном тексте";
$arr = array('one', 'two', 'three');
$text2 = preg_replace_callback("/\[put\]/", function () use (&$arr) {
static $i = 0;
return $arr[$i++];
}, $text);
var_dump($text2);