Лично таких программ не встречал (мы обычно скриптами для такого обходимся) но если вдруг найдете специальный софт - отпишите пожалуйста, тоже интересно было бы посмотреть.
Больше информации это описать структуру баз? интересует есть ли универсальный софт, в котором можно настроить "миграцию" независимо от структур база данных (структура может быть разный)
Нет, больше информации это вы хотите переехать с MSSQL на MySQL или NoSQL или.... Потому что если это все в пределах одного типа СУБД, то наверно проще будет написать код который сделает вам выборки и положит данные в нужном и удобном для Вас виде.