Из open-source проектов я бы рекомендовал pywinauto. Мы как раз автоматизировали на нём GUI тесты для MFC приложений (ещё с 2010 года), хотя сейчас он поддерживает много больше всего на Windows и идёт разработка под Linux (пока в начальной стадии). Знаю людей, которые, например, переходят с платного HP UFT на pywinauto.
pywinauto.github.io
Лучше всего начать с Getting Started Guide (там про все основные концепции). Для MFC достаточно дефолтного бэкенда на основе Win32 API (все детали pywinauto скрывает).