<a href="link_address" target="_parent">Ссылка</a>
Об этом речь?
Ну и соотв. у ссылки должен быть такой атрибут добавлен, можно через тот же JS. Другие варианты, вряд ли возможны. Повлиять на вложенный фрейм из "внешнего" кода не получиться, из соображений безопасности. Насколько я помню, даже HTML-код фрейма получить нельзя, не то, что изменить... Это сделано, что бы сайты не могли стащить Ваши личные данные, как минимум.