Перед тем как изучать Express, не плохо было бы прочитать, что такое npm и зачем он нужен. Если вкрадце, без зависимостей ничего не будет работать.
Если подробнее: npm install устанавливает пакеты, указанные в package.json в директорию node_modules. Когда в приложении пишется:
var express = require('express');
нода ищет пакет express в папке node_modules и загружает его в приложение.