Она у вас не исчезает.
Карусель клонирует контейнеры. И их (контейнеров для карты) получается слишком много
А карта попадает именно в первый клонированный id, т. к. элемент с id параметром может быть на странице только один. Клонированный элемент уходит, в соответствии с правилами css, влево. Если исправить css свойство для .owl-stage в transform: translate3d(0px, 0px, 0px); то карту видно. Это отображено на скриншоте.
Ещё один момент из личного наблюдения.
Я давно отказался от использования Яндекс карт.
Причина в этом банально проста. При переходах на вкладках браузера яндекс карты имеют свойство действительно "исчезать", не прорисовывается. Дальнейшая прорисовка происходит только после ресайза браузера. Почему? -- не знаю.
Поэтому окончательно было принято решение в сторону google карт.