Вы просто вешаете обработчики события на элементы до того, как они создаются, т.е. у вас сначала выполняется
var todoItem = document.querySelectorAll('.todo_item');
[].forEach.call(todoItem, function (item) {
item.addEventListener ....
....
А сами то элементы с классом .todo_item создаются только после нажатия кнопки. Соответственно вам нужно добавлять обработчик события click к каждому элементу класса .todo_item в момент его создания.
P.S.: хорошей практикой считается не менять CSS свойства из скриптов (в вашем случае display: none), а делать CSS классы и добавлять их к элементу или удалять (например сделать класс .hide { display: none; } и его добавлять к элементам).
