вместо counter++; сделать counter += 5;
либо
var counter = 1;
var periodSec = 5,
periodMsec = periodSec * 1000;
var printMessage = function () {
console.log("Ты смотришь в консоль уже " + (counter * periodSec) + " сек");
counter++;
};
var internvalId = setInterval(printMessage, periodMsec);