dev400: Упс. Это я не понял вопроса. Подумал что вам нужно выбрать все элементы классы которых начинаются с определённого слова.
В вашем случае скорее всего нужно использовать регулярные выражения. Не встречался раньше с такой задачей.
Никак. Вы можете выбрать элементы, у которых атрибут класс начинается с alert-, но если этот класс стоит вторым или третьим, то вы до него не доберетесь. Лучше перечислить все классы alert-* и удалять их все.
UPD: В принципе можно конечно регуляркой, но скорее всего оно того не стоит.
var jqo = $('...');
var l = jqo.length;
for(var i = 0; i < l; i++) jqo[i].style.className.replace(/alert\-\w+/, '');
// Или
$.each(jqo, function(){
this.className.replace(/alert\-\w+/, '');
})