Потому что интернет-магазины без SEO никуда, а для полноценной SEO-оптимизации нужно, чтобы страница возвращалась наполненной сразу с сервера. Все истории о том, что Google умеет выполнять JS на странице это разговоры в пользу бедных - уметь он умеет, вот только как конкретно он это делает никто не знает и в плане SEO полагаться на слепую удачу никто не будет, потому что это деньги.
Сделать рендеринг Angular 1.x приложения на сервере возможно, но это огромный костыль, надежность которого оставляет желать лучшего.
Поэтому все и делают по-старинке. Само собой, Ангуляр можно использовать в каких-то частях магазина, например в корзине или админке, плюс для добавления каких-то интерактивностей на статику с сервера.
Если все-таки хотите Angular, то тогда вам нужна версия 2. Но сразу оговорюсь - Angular Universal (проект для серверного рендеринга) не является официальной частью Ng2, во всяком случае пока.
Вам понадобятся навыки в NodeJS и Express плюс немного изобретательности.