Скорее всего аппаратный рейд переразметит диски под себя и полетит вообще все что было на диске.
Кроме того, высокий шанс что изменится UUID блочного устройства.
Хотя все зависит от контроллера.
Делайте изначально рейд, ставьте на него убунту а потом добавляйте винты.
