Если я правильно понял задачу — «вычисления, которые длятся слишком долго чтобы не делать их в теле CGI-шки», то отдельным демоном с очередью через postgresql.
я правда использую не node.js, а v8cgi (teajs) — сервер-сайд js другого разработчика.
О, в постгрисе pubsub появился, прикольно :) Думал есть решение готовое, чтобы само пулы воркеров делало, приоритеты были у задач, механизм отслеживания дублирующихся задач и т.п.