минимальное количество зависимостей (большинство пакетов на packagist тянут за собой адовое количество зависимостей)
для этого и есть composer, чтобы не велосипедить.
Кастомизируемость (Практически всё, что видел, кастомизировать невозможно, т.к. логика находится в одном god-методе)
для этого и есть куча зависимостей и сложность архитектуры библиотек, зато можно расширить как угодно.
Что вы хотите кастомизировать в такой простой и небольшой задаче?
Doctrine и Phinx
самые популярные. Чем не угодили?
В таком случае пишите свой велосипед, если не хотите зависимостей или слишком сложно осилить что-то готовое.