После шатаний по коду фреймворка выяснилось, что дело, действительно, как подметил
Максим Федоров, в том, что в приложении app-advanced мы до запуска приложения определяем алиас common путем подгрузки файла bootstrap, в том время как в приложении app-basic мы не определяем в процессе загрузки алиас app. В этом и отличие.
Единственное с чем я не могу согласиться - что app и common это алиасы. В действительности это, конечно же, неймспейсы. Но автолоадер фреймворка устроен так, что когда принимает неймспейс, он добавляет к нему собачку и превращает в алиас
вот здесь, а уже там ищет эти классы.