потому что в коде поверх selecta наложены элементы button и div и вам над менять их стили, а у радио поверх них лежат дивы с фоном , вот:
.iradio_square-blue {
display: inline-block;
vertical-align: middle;
margin: 0;
padding: 0;
width: 22px;
height: 22px;
background: url(blue.png) no-repeat;
border: none;
cursor: pointer;
надо посмотреть в бутстрап, возможно достаточно заменить класс на .iradio_square-red и они станут красными, если нельзя так и ли вам не подходит то просто переопределить стили в вашем css-файле , убрать фон или поставить другой