Добрый день.
для чего это сделано я не пойму
Думаю, для того, чтобы ярлыки терминов таксономий и записей не пересекались, если вдруг кто-то решит присвоить им одинаковые url. А чем Вам это помешало?
как можно удалить это из ссылки?
Есть же всякие плагины для этого. Вот, например, один из первых в поиске
Remove Category URL.
Для таксономий, не припоминаю, чтобы встречал плагин. Скорее всего нужно копать куда-то в сторону rewrite rules.