В данный момент переписываем два проекта с недо-фреймворка на фалкон. Всё происходит постепенно. В главном index.php файле, есть проверка - что-то типа - 
if (\Rapid\Migration::isPhalconRoute($_SERVER['REQUEST_URI'])) { 
 // то этот рут, обрабатывает фалкон.
}
в классе 
Migration есть ф-я, в которой есть массив с рутами, которые должны обрабатыватся фалконом. прим - 
/**
     * Detects phalcon routes by uri
     *
     * @param $uri
     * @return bool
     */
    public static function isPhalconRoute($uri)
    {
        // Refactoring to phalcon (1:1 routes)
        $phalconUris = array(
            '/categories',
            '/counter/itemhit',
            '/counter/videohit',
            '/counter/bloghit',
            '/statistic/sales_views',
            '/statistic/receive_vat',
            '/contacts',
            '/gallery',
            '/blog',
            '/pages',
            '/users/login',
            '/users/registration',
            ....
            ....
          
      foreach ($phalconUris as $p_uri) {
            if (strpos($uri, $p_uri) !== false) {
                return true;
            }
        }
}
Ну это вкратце. Суть в том что, весь этот процесс постепенный. Какие то части проекта уже работают на фалконе, а какие то - еще обрабатываются старым фреймворком. И так до полного завершений процесса, тогда можно просто удалить старые файлы, и работать полностью на фалконе.