У нас для каждого вебпроекта создан свой php-fpm пул, это дает возвожность мониторить проект в мунине.
Запущено
несколько экземпляров mysql на разных портах, бд форума на своем порту, банерокрутилка на своем, ряд баз не сильно нагружаемых на своем порту - это тоже дает возможность оценить нагрузку, и вообщемто быстро найти виноватого.
Можно разнести проекты по нескольким вирт машинам, но как было уже отмечено выше - это оверхед по памяти и дискам. Но оно того стоит.
Как-то так