Через ftp не знаю, если только поддержка shell-команд есть. Можно использовать утилиты командной строки. С помощью grep получить список файлов:
grep -lR "искомая фраза" /var/www/deploy/
С помощью sed произвести замену:
sed -i -- 's/фраза для поиска/на что менять/' /var/www/deploy/../kakoy-to.file
Можно использовать регулярные выражения в обоих командах.
Ещё такой момент: если в искомых файлах фраза встречается несколько раз, то при замене нужно вызывать sed с глобальной опцией:
sed -i -- 's/фраза для поиска/на что менять/g' /var/www/deploy/../kakoy-to.file
Так же можно объединить эти команды для конвейерной обработки:
sed -i -- 's/фраза для поиска/на что менять/g' $(grep -lR "фраза для поиска" /var/www/deploy/)
Или просто указать маску для файлов, в которых нужно произвести замену:
sed -i -- 's/фраза для поиска/на что менять/g' *.php