Ответ на вопрос зависит от архитектуры вашего приложения и его компонентов. Если у вас только тонкие клиенты, а бизнес-логика вся обернута в сервис и в ней реализован весь необходимый контроль доступа - то тогда отдельные пользователи не нужны (за исключением разве что отдельного пользователя для самого сервиса и отдельных - для административных целей, чтобы сервис максимально был ограничен в правах).
Если толстые клиенты тоже есть, т.е. такие, которые сами содержат бизнес-логику и напрямую пишут в базу, то тогда есть смысл разделять пользователей. Как правило, разделение идёт по ролям в приложении. Т.е. для всех бухгалтеров отдельный пользователь, для всех складовщиков - также. Это поможет ограничить множество допустимых действий с БД и уменьшить риски (которые по определению будут в случае толстых клиентов).
Разумеется, два приведенных варианта не взаимоисключающие. Например, большинство пользователей (особенно внешних) могут работать через веб-сервис, которому выделен отдельный пользователь БД, а несколько человек из персонала, для большей гибкости работы с базой (администраторы, аналитики) могут иметь отдельных пользователей с более богатым набором прав.