Как можно организовать импорт выставленных счетов из самописной сторонней программы с различной номенклатурой счетов в 1С с созданием номенклатуры по клиенту?
Какой формат (XML или что-то ещё) использовать, как создавать подкаталоги номенклатуры по клиенту?
Посмотрите здесь: v8.1c.ru/edi/edi_stnd/90 . Возможно, найдёте подходящий стандарт. Только рекомендую по месту предварительно выяснить имеющиеся средства загрузки документов в найденном формате в Вашу конфигурацию 1С.