Конечно есть.
1.Можете одну базу разделить на несколько, нужно будет переписать запросы с учетом этого разделения. Это может быть довольно большой труд, но преимущество может быть в том, что одну из баз данных можно переместить на другой физический сервер, настроить связи на серверах, а для клиента запросы будут проходить прозрачно, так как будто базы на одном сервере.
2.Можно в одной базе данных создать дополнительную файловую группу, настроить ее расположение на других физических дисках, чем основная файловая группа. Далее создаете файлы БД в новой файловой группе и переносите нужные таблицы в эти файлы. Этот способ менее гибок чем первый, но так же позволяет производить некоторые оптимизации. К тому же этот способ не отменяет первый и наоборот.