Сначала создаем таблицу для апдейтов
update_info с полями id, price. Заполняем ее значениями для обновления - батчем, отдельными insert-ами, в любом порядке.
Далее обновляем целевую таблицу product через join
UPDATE products p
JOIN update_info ui ON t.id = ui.id
SET p.price = ui.price
Вы можете в течение дня наполнять таблицу для апдейта как некоторую очередь, а после по регламенту обновлять целевую и очищать очередь.