Установка пакета zabbix-web кладёт в /etc/httpd/conf.d файл zabbix.conf. Этот файл подгружается во время запуска сервиса httpd, и переназначает некоторые параметры Apache для скриптов, запускаемых из /usr/share/zabbix/ (веб-интерфейс), в соответствии с рекомендациями от Zabbix:
php_value max_execution_time 300
php_value memory_limit 128M
php_value post_max_size 16M
php_value upload_max_filesize 2M
php_value max_input_time 300
php_value always_populate_raw_post_data -1
# php_value date.timezone Europe/Riga
Эти параметры не распространяются на ваш сайт. Zabbix ничего не забирает.
Убедитесь, что ваш собственный конфиг, который, как вы подозреваете, каким-то препятствует работе Zabbix, не объявлен таким образом, что пересекается с работой Zabbix при обращении к веб-серверу. Можете показать его в тексте вопроса, чтобы можно было предположить, что именно в нём может приводить к такому поведению.
UPD:
Попробуйте вынести
php_admin_value
из site1.conf в блок
<Directory /web/site1.ru/www>
, по аналогии со вторым конфигом.
Таким образом, overwrite этих параметров будет происходить только в рамках скриптов в /web/site1.ru/www