Я опишу свой опыт, не знаю даст это что-то или нет. Тоже встала такая проблема, думал как решить, основная загвоздка была в том, что сразу все переписывать не было времени, т.к. если внедрять React нужно было переписывать все view. Я добавил роутинг от backbone, чтобы много лишнего кода не писать большинство функций оставил на jquery, но так у меня появилась четкая структура.
А view использовал от React (где либо немного переписывать, либо новый функционал), таким образом я структурировал проект избавился от простыней кода (постепенно) и добавил React, Хотя признаться честно React добавил, чтобы изучить новое, там он не особо был нужен. Ну и в итоге получился довольно структурированный проект. Правда все равно местами используется React местами jQuery уж слишком большое наследие в проекте.
Но да, этот проект не для поисковых систем.