1) Во-первых, надо определиться, как вы хотите собрать (там три варианта доступно: нативно, gtk и qt-клиенты).
2) Если вы хотите собрать именно под виндой, то вам придётся установить MSYS/MSYS2 (по выбору), и уже в самом шелле установить нужные зависимости (компиляторы, либы и т.д.)
3) Дальше в MSYS/MSYS2 вы начинаете сборку, предварительно введя (для натива):
./autogen.sh --enable-client=win32 --with-libiconv-prefix=/usr
4) make && make install.
Источник:
Вики игры Freeciv
PS: там же есть некоторая инфа по ошибкам и т.д. Внимательнее будьте с зависимостями.