Есть VPS на Ubuntu. Есть папка /var/www/domain.ru.
У папки владелец я: user:user.
Если я выставляю права 664 на папки, я не вижу их. Только под root'ом. Либо выставлять 775. Где я ошибаюсь? Возможно напутал что-то с группой?
Ну и правильно. Чтобы видеть содержимое каталога у него должны быть права 775.
Ошибаетесь в правах на каталог. Чтобы его можно было открыть, у него должны быть права на выполнение, т.е. открытие самого каталога.