Можно все. Но придется делать вручную. В опенкарте много скриптов написано в середине нужного шаблона (модуля или страницы), например всякие слайдеры, лайтбоксы и т.д. И они перестанут работать, если вы из хедера в футер перенесете библиотеку необходимую для них, owl carousel или вообще jQuery. Если вы все это делаете, чтоб угодить google page speed insight, я бы не советовал таким заниматься. Выиграть пару баллов и сломать сайт.. оно того не стоит