OPTIMIZE TABLE `xxx`; ?
Да, я знаю, что оптимайз не поддерживается InnoDB :)
Но в консоли mysql пишет:
Table does not support optimize, doing recreate + analyze instead
И если я правильно понимаю логику - он пересоздает файл (если конечно каждая таблица InnoDB хранится в отдельном файле) с новым содержимым.
P.S. Да, я правильно понимаю логику. Я проверил ;-)