Не могу разобраться откуда Storage берет корень файловой системы сайта?
Например, Storage::exists('images') - будет проверять document_root/public/images?
В 5.0 в конфиге filesystem настраивался путь uploads_path, а в 5.2 не могу разобраться работает ли это
Неявные зависимости. Плохо это тем, что ваш код гвоздями прибиваться к одной реализации внешнего сервиса. Как результат - с двумя реализациями вы работать не сможете.
Подобный код тяжело поддается тестированию потому, что зависимость нельзя заменить по интерфейсу.
Отлов ошибок осложняется за счет того, что у вас просто нет интерфейса объекта с которым вы работаете, просто кучка вызовов __callStatic.
Чем больше будете завязываться на магии - тем больше будете тратить время на ее разбор и дебаг, я уже молчу про тесты.
Глобальное состояние сервисов - это тоже самое, что и глобальные переменные, просто доступ к ним через статику. Почему глобальные переменные - это плохо я надеюсь объяснять не нужно.
-- --
Если вы подумали: "но это же удобно"! - Вероятнее всего вы просто не знаете с чем сравнивать. Удобство не определяется "меньше кода === лучше", удобство - это простота поддержки, тестирования и расширения.
Рекомендую почитать: Попросили проверить код, на что смотреть нужно?