У меня все миксинами. Есть модули это вроде строительных блоков, а есть страницы это место в котором я из них собираю страницу https://github.com/zoxon/gulp-front
Не очень понятно, в чём вопрос. В pug/jade есть наследование, паршиалы и миксины. Что ещё нужно, для того, чтобы сделать масштабируемую и модульную архитектуру?
Так как он мог помочь, если у вас вопроса толком нет. Ок, вы приложили пример своего разбиения, вам кажется, что он "не совсем правильный". Но в каком разрезе? Что с ним не так, на ваш взгляд, чем он вам не подходит, с какими сложностями вы столкнулись? Я, разве что, миксинов у вас не вижу, а так у нас почти аналогичная структура.