На странице существуют две формы фильтрации, одна из которых расширена количеством параметров. При обновлении страницы во время отправки (короткой) формы, заполненные данные (checkbox) второй формы, которых нет в короткой форме, удаляются. Какие способы существуют отдать значения короткой формы в большую и отправить именно большую.
Nik: наверное, я бы при событии submit брал бы данные из формы $(form).serializeArray(); и помещал бы в input type=hidden. Это лишь один из вариантов, прчем не самый лучший. Лучше все же поменять логику.