А есть возможность переписать серверные скрипты на, допустим, С, или чем то компилируемом, питоне например, или это не входит в проект? Это серьезно ускорило бы работу системы.
Диски - если есть возможность и еще не сделали - поставить ssd, это реальный прирост даст при работе с файлами.
Если есть работа со значениями key->value ставьте редис или мемкеш и оптимизируйте под них скрипты.
Остальное без конкретных деталей сложно сказать, бо скрипты с такими расчетами сложно невидя оптимизировать.