Для достижения такого эффекта достаточно выключить компонент MeshRender, объект будет работать как обычно, но при этом отрисовки его не будет, что положительно скажется на производительности благодаря уменьшению количества DrawCall'ов.
Николай: Сделать перебор дочерних объектов и проставить им флаги visible в true, если в three.js не предусмотрено никаких средств для автоматизации оного.
Николай: Компиляция единого исходного кода сразу под любую платформу это по-вашему не кроссплатформенность? Вы в данный момент работаете только с одной платформой - WebGL, технологии у вас - HTML5 и Node.js + хэлпер над всем этим, называемый Three.js, а Unity3D позволяет компилировать проекты под дюжину платформ, в том числе и WebGL.