1. через ls в консоли получить список каталогов с названиями модулей бовер,
2. из бовер json взять то, что нужно сохранить, удалить из списка эти пакеты (руками или через автоматизацию).
3. Далее запустить удаление по оставшемуся списку bower uninstall , если оно не умеет удалять списком, запустить в цикле по списку.
4. Так как скорее всего таким образом будут снесены нужные пакеты зависимостей, произвести обновление.
Если бовер так не делает (написал на примере npm) , то можно удалить все пакеты и запустить инсталляцию по бовер json требуемых пакетов, пусть он сам повторно все вытащит. Кстати этот вариант мне кажется вообще безгеморойным.
