Проблема решается только переустановкой - инсталлер у SQL Server весьма прямолинейный и негибкий.
Создайте бэкапы баз данных, бэкапы логинов при помощи следующей статьи:
https://support.microsoft.com/en-us/kb/918992 (в ней описано создание процедуры, исполнение которой сгенерирует T-SQL код создания логинов). Удалите старый инстанс, поставьте новый, восстановите логины полученным выше кодом, восстановите бд из бэкапов.
Не так сложно, как может показаться.
