Что-то задумался и не нашел готового решения, решил написать npm модуль.
Ссылка на npm.jsСсылка на github
Использование:
Создаем пустую папку, в ней npm install remove-html-element
после создаем файл, например test.js
кладем нужные html файлы в папку
//test.js
var rem = require('remove-html-element');
rem('file.html', '#remove-this-selector');
Удалит блок с id "remove-this-selector" в файле file.html и перезапишет новое содержимое в него.