require_once - влияет ли на скорость работы сайт если этих подключений много?
Влияет, но если у вас включен opcache то можно этим принебречь. Да и в целом это мелочи. Работа с базой данных занимает намного больше времени чем подобные штуки. Ну и ваша архитектура может убить производительность любого языка, было бы желание.
Не занимайтесь микрооптимизациями.