Попапы сейчас на странице инициализируются один раз. И в момент инициализации на странице ровно два попапа (открываем инспектор в браузере, консоль и выполняем $('[data-toggle="popover"]').length ).
Нужно подписаться на событие turn.js. Возможно подойдет событие turned (
www.turnjs.com/docs/Event:_turned):$(function() {
$('.flipbook').turn({
width: 1000,
height: 349,
elevation: 50,
gradients: true,
autoCenter: true
});
$(".flipbook").on("turned", function() {
var $popovers = $('[data-toggle="popover"]');
$popovers.popover("destroy");
$popovers.popover();
});
});