Если учите по официальному гайду, то в файле tsconfig.json в секцию "compilerOptions" добавляете "outDir": "dist",
Чтобы транспайлер складывал .js файлы в папку dist и не перемешивал с .ts
И в настройках SystemJS (systemjs.config.js) укажите эту папку (8-9 строчка примерно):
var map = {
'app': 'dist', // изначально тут указана папка app
Переносите в кордову index файл, настройки SystemJS, папку dist, стили и файлы библиотек. Дальше уже сами :)