Очереди ведут себя так же, как и фаервол. Пакет сравнивается по условиям сверху вниз. При совпадении очередь применяется и пакет с нижестоящими правилами не сравнивается. Поэтому более узкие (по условиям) очереди нужно размещать выше более общих. Например, если вы хотите для подсети назначить определённую скорость, но одному ип-адресу из неё бОльшую либо меньшую скорость - то queue для этого ип нужно разместить над правилом для подсети. Если у вас fasttrack'аются соединения, они в очередь не попадут. Поэтому либо выделяйте нужные вам пакеты в фаерволе экшном accept, либо отключайте правило fasttrack.
З.Ы. Вообще в winbox'е легко понять, важен порядок правил или нет. Везде, где в заголовке первой строки есть "#" - порядок важен.